نشانگر ریزماهواره و VNTR

نشانگر ریزماهواره و VNTR از دیگر نشانگرهای DNA غیر مبتنی بر واکنش زنجیرهای پلیمراز هستند. که هر دو براساس تفاوت در تعداد ردیف های با تکرار متوسط در DNA ژنومی موجودات مورد مقایسه ابداع شده اند. و از نظر تکنیکی مبتنی بر استفاده از کاوشگرهای مصنوعی و کاربرد مواد پرتوزا و روش سادرن هستند. کلیه مراحل اجرای کار از مرحله استخراج DNA تا هضم آن و انجام الکتروفورز و انتقال سادرن گرفته تا مراحل نشاندار کردن کاوشگر و دورگ گیری DNA و نمایان سازی تفاوت ها، به طور کامل شبیه RFLP مبتنی بر سادرن ژنوم های بزرگ است.

تنها تفاوت RFLP با VNTR و ماهوارک ها در تعداد باندهاست. که در دو نوع اخیر نشانگرها معمولا به بیش از ده و تا صدها باند می رسد. نیاز به DNA زیاد، نامعلوم بودن سیستم آللی، دشواری زیاد قرائت، امتیاز بندی و تفسیر نتایج که به دلیل وجود تعداد زیادی باند بر روی خودپرتونگارهاست، موجب عدم محبوبیت و عدم کاربرد وسیع این نشانگرها شده اند. استفاده از این قبیل نشانگرها می تواند به انگشت نگاری و تمایز نمونه ها محدود شود و کاربرد جدی در اصلاح نباتات نخواهد داشت.

انواع نشانگر VNTR

۱- VNTR تک مکانی

تعداد متفاوت ردیف های تکراری در یک جایگاه ژنی را نشان می دهد. الگوی بانددهی بدست آمده با استفاده از کاوشگرهای VNTR تک مکانی ساده تر و قابل فهم تر است. زیرا هر فرد تعداد کمی باند واضح را نشان می دهد.

۲- VNTR چند مکانی

تعداد متفاوت ردیف های تکرار شونده در چندین جایگاه ژنی را نشان می دهند. تعداد باندهای بدست آمده از کاوشگرهای مخصوص VNTR چند مکانی بیشتر است. به طوری که به طور همزمان تا بیش از ۳۰ باند بدست می آید.

نشانگر ریزماهواره و VNTR

انگشت نگاری الیگونوکلئوتیدی مبتنی بر نشانگر ریزماهواره

در نخستین نشانگرهای مبتنی بر ماهوارک ها، از الیگونوکلئوتیدهای حاوی ریزماهواره به عنوان کاوشگر استفاده گردید. و انگشت نگاری الیگونوکلئوتیدی نامگذاری شد. از کاوشگرهای الیگونوکلئوتیدی ساختگی نشاندار شده مکمل با موتیف های کوتاه تکرار شونده در دورگ گیری در ژل، با بکارگیری DNA ژنومی برش داده شده با آنزیم های برشی خاص و الکتروفورز ژل آگاروز استفاده شده است.

گوبتا و وارشنی (۲۰۰۰) در مقاله خود مراحل زیر را برای انگشت نگاری الیگونوکلئوتیدی مطرح کردند:

جداسازی DNA ژنومی با وزن مولکولی زیاد
هضم DNA ژنومی با یک آنزیم محدودگر مناسب
تفکیک قطعه های حاصل از هضم بر روی ژل آگاروز
انتقال سادرن قطعه ها به غشاء
دورگ گیری غشا با کاوشگرهای (نشاندار با مواد پرتوزا یا غیر پرتوزا) الیگونوکلئوتیدی در بردارنده ردیف های دو یا سه تایی تکراری
خود پرتونگاری با رنگ آمیزی برای مشاهده قطعه های دورگ شده.

مزایای استفاده از انگشت نگاری الیگونوکلئوتیدی

۱- به کمک این روش می توان تنوع نواحی تکرار شونده مورد نظر را آشکار کرد. قطعه هایی از DNA که با الیگونوکلئوتیدها دورگ می شوند، در دامنه ای از اندازه چند صد جفت باز تا ۱۰ کیلو جفت باز قرار می گیرند. همچنین گاهی بیش از یک نوع ماهواره در داخل یک قطعه برش داده شده قرار می گیرد. تفاوت هایی که این نوع نشانگرها نشان می دهند، به دلیل تفاوت در طول قطعه های برش داده شده ای است که در بردارنده ماهواره ها هستند.

۲- از این روش برای شناسایی ژنوتیپ ها و همچنین در ژنتیک جمعیت استفاده می شود.

جشنواره پاییزه

جشنواره فروش بذر های خاص و کمیاب با بیش از ۱۲۰۰ رقم تنوع

همین الآن خرید کنید

معایب انگشت نگاری الیگونوکلئوتیدی

کاوشگرهای مورد استفاده در روش انگشت نگاری الیگونوکلئوتیدی به احتمال زیاد قادر خواهند بود ردیف های شبیه ریز ماهواره را در ژنوم هدف شناسایی کنند. اما نکته قابل توجه این است که ریز ماهواره ها بر اساس نتایج ردیف یابی، در دامنه ای از ۲۰ تا ۱۰۰ جفت باز قرار دارند. درحالیکه چند شکلی قطعه های RFLP که به وسیله کاوشگرهای ریزماهوارهای آشکار می شوند، خیلی بزرگ تر (بیش از ۱۰ کیلو جفت باز) هستند. بنابراین نواحی تکراری دیگر ژنوم مانند ماهوارک ها به جز ریزماهواره ها نیز می توانند در ایجاد چند شکلی نقش داشته باشند. اگرچه انگشت نگاری الیگونوکلئوتیدی به طور دقیق قادر به تمایز و تشخیص افراد مثلاً واریته های گیاهی است، ولی به دلایل زیر برای نقشه یابی مناسب نیست: