نشانگر STS مبتنی بر نقاط نشانمند از ردیف
نشانگر STS مبتنی بر نقاط نشانمند از ردیف: هر نشانگری که مبتنی بر واکنش زنجیره‌ای پلیمراز باشد و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی (معمولا بیش از ۲۰ نوکلئوتید) ایجاد شود، یک نقطه نشانمند از ردیف نامیده می‌شود. زیرا پیش از طراحی آغازگر، بیگمان در یک مرحله، ردیف‌یابی صورت گرفته است. بنابراین نشانگرهایی همچون ALP و ریزماهواره‌ها از آن جهت که مستلزم ردیف‌یابی برای طراحی آغازگر به منظور تکثیر DNA در یک نقطه خاص هستند، ذیل STS دسته‌بندی می‌شوند.
نشانگرهای دیگری مانند PBR هم از نشانگرهای مرتبط با STS هستند. برخی تصور می‌کنند جایگاه STSها بر روی ژنوم مشخص است. در واقع این تصور اشتباه است. یک STS ممکن است دارای جایگاه شناخته شده بر روی ژنوم باشد. و ممکن هم هست که جایگاهش نامعلوم باشد. چنانچه ردیف‌یابی مورد نیاز STS از قطعه DNAای با جایگاه معلوم صورت گرفته باشد، جایگاه آن STS نیز معلوم خواهد بود. اما در غیر این صورت باید با استفاده از تنوع موجود برای آن STS در یک جمعیت نقشه‌یابی جایگاه آن بر روی کروموزوم‌ها را مانند هر یک از نشانگرهای دیگر تعیین کرد.
تاریخچه کشف نشانگر STS
در حال حاضر یکی از مناسب‌ترین روش‌های تهیه نقشه‌های فیزیکی که برای ژنوم‌های بزرگ نیز قابل استفاده است، نقشه‌یابی STS با جایگاه‌های معلوم است. STS توسط اولسون و همکاران در سال ۱۹۸۹ در ژنوم انسان معرفی شد. آن‌ها دریافتند که می‌توان از ردیف‌های DNA نشانگرهای تک نسخه‌ای مانند RFLP که جایگاه شناخته شده‌ای بر روی کروموزم‌ها دارند، به عنوان نشانگرهایی برای تهیه نقشه‌هایی ژنتیکی یا فیزیکی ژن‌های مهم استفاده کرد.
آن‌ها همچنین به این نتیجه رسیدند که اگر ژنوم انسان دارای تعداد کافی نشانگر همسانه‌های دارای کاوشگر برای این گونه پژوهش‌ها باشد، باید تعداد بسیار زیادی از همسانه‌های کتابخانه‌های DNA را، نقشه یابی، ذخیره، تکثیر، امتحان و سپس بین محققان علاقه‌مند توزیع گردد. با وجود این، ردیف‌یابی قسمتی از این همسانه‌ها می‌تواند امکان استفاده از نشانگرها به وسیله PCR را فراهم سازد. در حقیقت STS یک ردیف کوتاه (معمولا کمتر از ۵۰۰ جفت باز) منحصر به فرد در ژنوم است که می‌توان آن را توسط PCR تکثیر کرد.
منابع نشانگر STS مبتنی بر نقاط نشانمند از ردیف
منبع اصلی نشانگرهای STS از طریق ردیف‌یابی دو انتهای همسانه‌هایی است که به عنوان کاوشگر RFLP مورد استفاده قرار می‌گیرند. همچنین با حجم بسیار زیاد اطلاعات IST که در دسترس است و هر روزه به آن افزوده می‌شود، نیز می‌توان برای تهیه STS استفاده کرد. هرچند ردیف IST که از یک انتهای همسانه بدست می‌آید کوتاه است. معمولا ۵۵۰-۳۵۰. ردیف بدست آمده کوچکتر از آن است که به وسیله آن بتوان چند شکلی را براساس تغییر طول یا مکان آنزیم برشی شناسایی کرد. البته این امکان وجود دارد که با استفاده از روش‌های الکتروفورزی مخصوص، SNPها را در این فاصله شناسایی نمود. گاهی به روش طراحی آغازگر بر اساس قطعات تکثیری در RAPD نیز STS گفته می‌شود. البته بهتر است این روش را اسکار” (SCAR) نامید.
به کمک اطلاعات ردیف یابی، آغازگرهای الیگونوکلئوتیادی ۱۸ تا ۲۰ نوکلئوتیدی طراحی می‌شوند. به طوری که این آغازگرها مکمل دو انتهای محصول رپید و کاوشگر RFLP هستند. از این آغازگرهای جدید برای تکثیر DNA به کمک PCR استفاده می‌شود. از آنجا که آغازگرهای طراحی شده نسبت به آغازگرهای RAPD طویل ترند، از این رو واکنش PCR می‌تواند در درجه حرارت اتصال بیشتر انجام گیرد. در نتیجه تکرارپذیری باندها افزایش می‌یابد. همچنین باندهای AFLP می‌تواند یکی از منابع برای ایجاد نشانگرهای STS باشد.
نشانگر STS مبتنی بر نقاط نشانمند از ردیف
کاربرد نشانگر STS
- از نشانگرهای STS می‌توان برای مکان‌یابی سریع هر نوع ژن در نقشه‌های مولکولی استفاده کرد. بدین ترتیب که ابتدا دو یا سه جایگاه STS برای هر کروموزوم شناسایی می‌شود. پس از آن هرگاه که یک ژن جدید شناسایی شد، ارتباط پیوستگی بین ژن و جایگاه ژنی STS مشخص می‌شود. ژن جدید باید کمتر از ۲۵ سانتی مورگان از هر یک از جایگاه‌های ژنی STS فاصله داشته باشد.
- با شناسایی ژن جدید مرتبط با STS می‌توان به نقشه RAPD و RFLP مراجعه و کاوشگرها یا آغازگرهایی را انتخاب کرد که با ژن جدید فاصله بسیار کمی داشته باشند.
- نشانگرهای STS همچنین می‌توانند در برنامه‌های انتخاب به کمک نشانگر گزینه‌ای بسیار مناسب باشند.
منبع: کتاب نشانگرهای مولکولی، انتشارات دانشگاه تهران
دیدگاهتان را بنویسید