انواع واکنش زنجیره ای پلیمراز

انواع واکنش زنجیره ای پلیمراز: واکنش زنجیره ای پلیمراز یک فناوری بیولوژیکی برای تولید تعداد زیادی نسخه DNA از یک توالی خاص است. سه مرحله اصلی شامل باز شدن دو رشته DNA، اتصال پرایمرها به رشته های DNA و تکثیر است.

کاربردهای تکنیک های PCR

زیست شناسی گیاهی
تشخیص بیماری بروسلوز و آنفلوانزای انسانی
کلون سازی
دندانپزشکی
میکروبیولوژی
پزشکی قانونی و غیره

انواع واکنش زنجیره ای پلیمراز عبارتند از:

۱- AFLP PCR

شامل هضم DNA به قطعات با استفاده از آنزیم های محدود کننده، تکثیر قطعات با استفاده از PCR و سپس تجزیه و تحلیل قطعات با استفاده از ژل الکتروفورز

۲- Allele-specific PCR

به منظور بررسی تغییر در یک نوکلئوتید (single-nucleotide polymorphisms) در تشخیص بیماری ها و کلونینگ DNA بکار می رود.

۳- Alu PCR

از آغازگرهایی استفاده می کند که عناصر Alu را انتخاب می کنند. بخش هایی که به طور معمول در DNA تکرار می شوند و مقاطع بین این موارد را در اثر انگشت DNA تکثیر می کند.

۴- Assembly PCR

نوعی از PCR است که هدف از آن سوار کردن الیگونوکلئوتیدهای دارای همپوشانی توالی روی همدیگر است. به طوریکه ژن‌هایی کامل تبدیل شوند.

۵- Asymmetric PCR

در این روش فقط یکی از دو رشته DNA تکثیر می شود. پلی نوکلئوتیدهای حاصل بمنظور تعیین توالی یا تولید شاخص های دو رگه مورد استفاده قرار می گیرند.

۶- Colony PCR

برای غربالگری کلونی های باکتری پس از تغییر شکل با یک پلاسمید استفاده می شود.

۷- Conventional PCR

فرآیند اساسی PCR، که حداکثر یک میلیارد نسخه از رشته DNA یا RNA تولید می کند. نتایج فقط در پایان روند مشاهده میشود.

۸- Hot start PCR

فرآیندی است که می‌تواند احتمال تکثیر قطعات غیراختصاصی را در PCR کاهش دهد. همچنین میزان تولید محصول موردنظر را افزایش دهد. تکثیر این قطعات ناشی از شروع زودهنگام واکنش در دماهای پایین قبل از آغاز آن است.

۹- Inverse PCR

با استفاده از آغازگرهایی که در جهت معکوس قرار می گیرند، DNA را در کنار یک توالی شناخته شده تکثیر می کند.

۱۰- ISSR PCR

جهت تمایز افراد یک گونه در مطالعات ژنتیک جمعیت و انگشت نگاری افراد نزدیک به هم بسیار کاربرد دارد. مارکر های ISSR (Inter Simple Sequence Repeats) نواحی در ژنوم هستند که در بین توالی های ریز ماهواره ای قرار دارند. تکنیک ISSR، یک روش مبتنی بر PCR است که شامل تکثیر یک قطعه DNA در فاصله تکثیر پذیر میان دو ناحیه تکراری ریز ماهواره منحصر به فرد با جهات مخالف می باشد.

۱۱- LATE-PCR

این تکنیک تک رشته های DNA ایجاد می کند. در این تکنیک نیاز به جداسازی آنزیمی و یا مکانیکی محصولات تک‌رشته‌ای و خالص‌سازی آنها و انجام یک مرحله تکثیر خطی به صورت جداگانه را از بین می‌برد. بنابراین از این لحاظ برای استفاده در توالی‌یابی بسیار مناسب است. این تکنیک قابل استفاده در آزمایش‌های تشخیصی بالینی است؛ خصوصا در شرایطی که مقدار نمونه اولیه اندک باشد. تکنیک LATE-PCR روشی highly informative و مقرون به صرفه در تشخیص جهش‌ها و توالی‌یابی است و خصوصیاتی را که Gyllensten و Elrich برای آن در نظر گرفته بودند، داراست.

جشنواره پاییزه

جشنواره فروش بذر های خاص و کمیاب با بیش از ۱۲۰۰ رقم تنوع

همین الآن خرید کنید

۱۲- Long range PCR

از مخلوط پلیمرازها برای تکثیر بخش های طولانی تر DNA استفاده می کند.

۱۳- Methylation-specific PCR

از دو جفت آغازگر استفاده می کند که به DNA متیله شده و غیر متیلاسیون متصل می شوند. این تکنیک توسط Stephen Baylin و Jim Herman در دانشکده پزشکی دانشگاه جان هاپکینز ابداع شده است و جهت بررسی متیلاسیون در قطعات CpG در DNAی ژنومیک بکار می رود.

۱۴- Multiplex PCR

در این تکنیک از تعدادی جفت آغازگر برای تجزیه و تحلیل تعدادی از قطعات در یک محلول PCR استفاده می شود. و آمپلیکون هایی (amplicons) تهیه می شود که اندازه های متفاوتی دارند و مختص DNAهای مختلفی هستند. با هدف قرار دادن چندین ژن در یک محلول PCR، می توان با آزمایشات کمتر و زمان کوتاهتر، اطلاعات بیشتری جمع آوری کرد.

۱۵- Nested PCR

در این روش از تکثیر DNAی ناخواسته جلوگیری شده اثرات زمینه ای کم می شود. مواقعی که DNA هدف در نمونه مورد آزمایش کم باشد، برای جلوگیری از بالا بردن مقدار DNA و مهار واکنش توسط پرایمرهای خارجی، قطعه طویل تری همانند سازی می شود. از محصول PCR اول که بیشتر DNA هدف همانند سازی شده است، یک واکنش دیگر با پرایمرهای داخلی انجام می گیرد. بدین ترتیب در فرآیند تکثیر DNAی هدف، اختصاصی بودن (specificity) افزایش می یابد.

۱۶- تکنیک qPCR

در PCR کمّی (همچنین به عنوان PCR در زمان واقعی، RT PCR یا qRT-PCR نیز شناخته می شود)، مولکول های DNA ،RNA و cDNA با استفاده از کاوشگرهای فلورسنت نشانه گذاری می شوند، بنابراین می توان غلظت محصولات تکثیر شده را با ردیابی در زمان واقعی کنترل و اندازه گیری کرد. یکی از شاخه های مهم این تکنیک Quantitative real-time PCR است که از نظر صحت (accuracy) در بالاترین سطح قرار دارد و در آزمایشگاه های تشخیص بالینی کاربرد وسیعی یافته است. در روش Q-PCR برای تعیین غلظت DNA از رنگهای فلورسانس (نظیر Sybr Green) یا شاخص های DNAی فلورسانس (نظیر TaqMan) استفاده می شود.

۱۷- PCR مبتنی بر توالی تکراری

(Repetitive sequence-based PCR) با استفاده از آغازگرهایی که مکمل توالی های غیر کد کننده تکراری در ژنوم هستند، DNA را تکثیر می کند.

۱۸- PCR ترانس اسکریپتاز معکوس

همچنین به عنوان RT-PCR شناخته می شود. با رونویسی معکوس RNA به DNA با استفاده از آنزیم ترانس اسکریپتاز معکوس، cDNA (DNA مکمل) ایجاد می کند. این نوع از PCR بمنظور شناسایی، استخراج یا تکثیر RNA از نمونه های سلول یا بافت مورد استفاده قرار می گیرد.