آشنایی با تکنیک AP-PCR

اگر در یخچال خود آغازگر RAPD در اختیار ندارید، نگران نباشید. شما هنوز هم می توانید با داشتن هر نوع آغازگری (حتی آغازگرهای اختصاصی که به منظور خاص طراحی شده اند و بیش از ۲۰ نوکلئوتید هم طول دارند برای تکثیر DNA هر موجودی استفاده کنید. در این مطلب از دی مگ به تشریح جامع آشنایی با تکنیک AP-PCR میپردازیم.

در این روش از یک آغازگر با هر توالی ممکن استفاده می شود. دمای اتصال در نیمرخ حرارتی در دو تا پنج چرخه اول PCR به حدی کم در نظر گرفته می شود که آغازگر به نقاطی که حتی ۵۰-۴۰ درصد هم شباهت دارند (مکمل است) بچسبد. شرایط دیگر واکنش نیز در چند چرخه اول به طور ویژه طراحی می شود. بنابراین در دو تا پنج چرخه اول الگوی مورد نیاز برای افزایش دمای اتصال و تکثیر اختصاصی باندها را فراهم می آورد. نتیجه پایانی در این روش نیمرخ الکتروفورزی شبیه RAPD خواهد بود. بنابراین، تکینک AP-PCR حالت خاصی از RAPD است که در آن از آغازگرهای ۱۰ تا ۵۰ نوکلئوتیدی (بیشتر بیست نوکلئوتیدی) استفاده می شود.

مزایای روش AP-PCR

واکنش AP-PCR یا arbitrarily primed PCR، یک روش نسبتاً سریع انگشت‌نگاری DNA مبتنی بر PCR با استفاده از آغازگرهایی است که توالی نوکلئوتیدی آنها به دلخواه انتخاب شده است. این روش همچنین DNA چند شکلی تکثیر شده تصادفی (RAPD) نامیده شده است. چرخه های اولیه واکنش در شرایط درجه سختی کم انجام می شود (معمولاً با درجه حرارت نسبتاً کم در مرحله اتصال و یا غلظت منیزیم زیاد در بافر واکنش به دست می آید). در این شرایط، آغازگر دلخواه به بهترین صورت در الگو تطبیق می یابد. رقابت بین این رویدادهای اتصال منجر به تکثیر قابل تولید و کمّی بسیاری از باندهای گسسته می شود. تکثیر بیشتر این توالی ها در شرایط درجه سختی زیاد باعث ایجاد اثر انگشت می شود. الگوی باند به دست آمده در این آزمایش مشخصه و نماینده ژنوم مورد استفاده به عنوان الگو است.

تکنیک AP-PCR روشی مناسب در آنالیز باکتری‌ها، قارچ‌ها، گیاهان و مطالعه جمعیت‌های انسانی در صورت نیاز به مقایسه سریع هر کدام از نمونه‌ها، است. همچنین این تکنیک اطلاعاتی که در مورد فراوانی مارکرهای RAPD، AFLP و میکروستلایت‌ها به دست می دهد و روشی را به منظور طبقه‌بندی افراد در دسته‌های ژنوتیپی ارائه می‌دهد. در مقایسه با سایر تکنیک‌های وابسته به PCR که در تشخیص تفاوت‌های ژنتیکی و طبقه‌بندی‌های تاکسونومیک خاص متغیر هستند، AP-PCR روشی مقرون‌به‌صرفه در مطالعات تاکسونومیک است.