با توجه به تعداد بسیار زیاد و تنوع تکنیکی و تفاوت هایی که از نظر میزان چند شکلی و مبانی تولید و استفاده از نشانگرهای ژنتیکی وجود دارد، ممکن است این پرسش پیش آید که کدام نشانگر مناسب تر است و از کدام یک باید در پروژه های اصلاح گیاه یا حیوان بهره جست؟
پاسخ این پرسش چندان مشخص نیست و با توجه به موارد زیر و بررسی مورد به مورد نشانگرها و باتوجه به هدف محقق باید به انتخاب نشانگر مناسب هر برنامه مبادرت ورزید.
۱- هدف از کاربرد نشانگرها:
پیش از هر چیز محقق باید هدف از استفاده از نشانگر را مشخص کند. آیا نشانگر باید در یک برنامه اصلاحی و به عنوان وسیله ای برای تسهیل انتخاب به کار رود؟ آیا نشانگر مطلوب برای رده بندی چند رقم زراعی از یک گونه خاص استفاده می شود؟ برای چنین اهدافی هر روشی که بتواند بیشترین نشانگر چند شکلی را بین نمونه های مورد مطالعه به دست دهند، می تواند مورد استفاده قرار گیرد.
برای مطالعه ارقام مختلف یک گونه زراعی ممکن است از ریز ماهواره ها که قدرت تمایز بیشتری را دارند، استفاده کرد. ولی برای طبقه بندی در سطوح بالاتر و مطالعه روابط بین گونه ای می توان از نشانگرهای ALP استفاده کرد که قدرت تمایز درون گونه ای آنها کمتر است، ولی قدرت تمایز بین گونه ای خوبی دارند. برای اهداف دیگری که ذکر شد باید از نشانگرهایی استفاده کرد که دارای نقشه ژنتیکی اشباع باشد و بتوانند بین دو والد در یک تلاقی یا نتاج آنها تمایز ایجاد کنند.
۲- دسترسی به نشانگر:
به تعبیری باید گفت بهترین نشانگر همان است که در دسترس باشد و یا موجود باشد. به عبارت دیگر اگر در یک برنامه اصلاحی، هدف استفاده از نشانگر برای تسهیل انتخاب است باید دید آن صفت یا ژن مورد نظر با کدام نشانگر پیوستگی دارد.
۳- سهولت کاربرد و تفسیر نتایج و تکرارپذیری:
در صورت وجود نشانگرهای مختلف برای یک هدف خاص و دسترسی به همه آنها باید سهولت کاربرد آن نشانگر، سهولت تفسیر نتایج و سایر جنبه های تکنیکی در نظر گرفته شوند. در این صورت روش های مبتنی بر واکنش زنجیرهای پلیمراز ارجحیت دارند. تفسیر پذیری و تکرارپذیری نیز باید مد نظر قرار گیرد.
۴- عدم استفاده از مواد خطرناک مانند مواد پرتوزا:
در صورت دسترسی به انواع مختلف نشانگرهای ژنتیک، تا حد امکان باید از به کار بردن انواعی که بر کاربرد ژل های پلی اکریلامید و یا مواد پرتوزا مبتنی اند، خودداری کرد.
۵- هزینه کاربرد نشانگرها:
ارزان بودن استفاده از نشانگرها نیز از نکات مهمی است که باید در انتخاب نشانگر مطلوب دقیقا مورد مطالعه قرار گیرد.
۶- فراوانی تنوع و تفاوت:
نشانگرهایی که بتوانند با فراوانی بیشتر تفاوت های بیشتری را نشان دهند، نشانگرهای بهتری هستند.
۷- توارث همبارز:
در شرایط یکسان نشانگرهای همبارز ارجحیت دارند.
۸- پراکنش و توزیع متعادل در کل ژنوم:
نشانگرهایی که دارای توزیع مناسبی در ژنوم نیستند و برخی از کروموزوم ها را پوشش کامل نمی دهند و در واقع به تکثیر نقاط خاصی از ژنوم از فراوانی تنوع و تفاوت. نشانگرهایی که بتوانند با فراوانی بیشتر تفاوت های بیشتری را نشان دهند، نشانگرهای بهتری هستند.
۹- توارث همبارز:
در شرایط یکسان نشانگرهای همبارز ارجحیت دارند.
۱۰- پراکنش و توزیع متعادل در کل ژنوم:
نشانگرهایی که دارای توزیع مناسبی در ژنوم نیستند و برخی از کروموزوم ها را پوشش کامل نمی دهند و در واقع به تکثیر نقاط خاصی از ژنوم تمایل دارند برای برخی از مطالعات چندان مناسب نیستند. نشانگرهایی اولویت دارند که تمام ژنوم را بدون گرایش خاص پوشش دهند.
۱۱- تکرارپذیری زیاد:
تکرار پذیری در واقع میزان حساسیت یک روش به تغییرات جزیی است. به عبارت دیگر چنانچه روش آن قدر حساس باشد که با تغییرات بسیار جزیی در شرایط آزمایش نتایج متفاوتی را ارائه کند، تکرارپذیری کمی دارد.
البته هیچ یک از نشانگرها به تنهایی همه ویژگی های یاد شده را ندارند. با وجود این براساس امکانات و هدف می توان نشانگری را که دارای بیشتر این ویژگی ها باشد، برگزید. روش هایی مانند RAPD و DAF تنوع زیادی را نشان می دهند، با وجود این، قطعه های غیر اختصاصی زیادی نیز ایجاد می کنند. برای اینکه چنین نشانگرهایی برای اهدافی از قبیل غربال کردن ژنومی، ایجاد کتابخانه cDNA و ردیابی صفات با ارزش در جمعیت های بزرگ قابل استفاده باشند، باید به نشانگرهای اختصاصی مانند ALP یا PBR تبدیل شوند. ارزش چنین تبدیلی ایجاد نشانگرهایی با قابلیت اطمینان زیاد است.
منبع: کتاب نشانگرهای مولکولی، انتشارات دانشگاه تهران
دیدگاهتان را بنویسید