نشانگر PBR مبتنی بر تفاوت طول قطعه‌های قابل تکثیر

نشانگر PBR مبتنی بر تفاوت طول قطعه‌های قابل تکثیر فقط قادر به نمایان‌سازی جهش‌هایی از نوع حذف و اضافه است. اگر این حذف و اضافه کوچک‌تر از ۱۰ جفت باز باشد، تفاوت کمتر از آن خواهد بود که روی ژل آگاروز قابل نمایان‌سازی باشد. جهش‌هایی از نوع جهش نقطه‌ای و تفاوت در ردیف نوکلئوتیدهای قطعه قابل تکثیر از طریق ALP قابل ثبت نیستند.

کاربرد نشانگر مولکولی PBR

۱- روش PBR برای نمایان‌سازی و ثبت جهش‌هایی از این قبیل ابداع شده است:

در این روش فرآورده‌های واکنش زنجیره‌ای پلیمراز توسط آنزیم‌های محدودگر هضم و سپس قطعه‌های حاصل روی ژل پلی آکریلامید یا آگاروز از هم جدا می‌شوند. در صورت بروز جهش در هر یک از نقاط برش، تفاوت طول در اندازه قطعه‌های هضم شده (RFLP) مشاهده خواهد شد. حتی در صورتی که جهشی در نقاط برش صورت نگرفته باشد نیز ممکن است پس از هضم قطعه‌های تکثیر شده تفاوت طول مشاهده شود. که ممکن است به دلیل وجود جهش‌هایی از نوع حذف و اضافه کوچک بوده باشد.

حذف و اضافه قطعه‌هایی که به قدری کوچک‌اند که قبل از هضم قابل رؤیت و ثبت نبوده اند. از آنجا که این قبیل تفاوت‌ها در مورد فراورده‌های واکنش زنجیرهای پلیمراز است، آن را RFLP مبتنی بر PCR می‌نامند. در مقابل، روش متداول RFLP که در آن از انتقال سادرن استفاده می شود به RFLP مبتنی بر سادرن مشهور است.

۲- روش PBR موجب افزایش نمایان‌سازی چند شکلی موجود بین نمونه‌های مختلف می‌شود:

تفاوت موجود در تعداد و طول قطعه‌های هضم شده نشان دهنده تفاوت در نقاط برش ویژه Taq است. این تفاوت‌های ژنتیکی قابل توارث را می‌توان به عنوان نشانگرهای ژنتیک مورد استفاده قرار داد. قره یاضی و همکاران در سال ۱۹۹۶ توانستند نخستین کاربرد عملی این گونه نشانگرها را در طبقه‌بندی گیاه عالی برنج نشان دهند. همچنین تراگون رونگ و همکاران در سال ۱۹۹۱، هیتالمانی و همکاران در سال ۱۹۹۵ و برخی دیگر توانستند سودمندی این گونه نشانگرها را برای نشانمند کردن ژن‌های کنترل کننده صفات کیفی در جو و برنج نشان دهند.