نشانگر مولکولی آلکالین فسفاتاز (ALP)
نشانگر مولکولی آلکالین فسفاتاز (ALP) یا تفاوت طول قطعه‌های قابل تکثیر یکی از ساده‌ترین و سریع‌ترین نشانگر DNA موجود است. نشانگر مولکولی آلکالین فسفاتاز مبتنی بر واکنش زنجیرهای پلیمراز است. اگر ردیف بازهای قطعه‌ای از DNA در یک موجود مشخص باشد، یا دست کم ردیف بخشی از دو انتهای آن قطعه معلوم باشد، بر اساس آن می‌توان به طراحی و ساخت مصنوعی آغازگرهایی به طول ۳۰-۲۰ نوکلئوتید اقدام کرد. چنانچه نمونه‌های مختلف DNA توسط این آغازگرها و از طریق واکنش زنجیرهای پلیمراز تکثیر و سپس بر روی ژل الکتروفورز از هم جدا شوند، در صورت وجود اختلاف در طول قطعه قابل تکثیر، باندهایی به اندازه‌های مختلف تولید خواهند شد. که بیانگر وقوع پدیده حذف یا اضافه در بین نمونه‌های مورد مطالعه است.
این تفاوت در اندازه قطعه‌های قابل تکثیر که جهش‌های ژنتیک را نشان می‌دهد، به عنوان نشانگرهای ژنتیک مورد استفاده قرار می‌گیرد. نشانگرهای ALP از آن روی که متاخر بر تعیین ردیف هستند، با نام نقاط نشانمند از ردیف نیز شناخته می‌شوند. نقاط نشانمند از ردیف یا STS ممکن است چند شکلی داشته باشند و یا نداشته باشند. ولی واژه ALP فقط هنگامی بکار می رود که چند شکلی مشاهده شده باشد.
مزایای نشانگر آلکالین فسفاتاز (ALP)
۱- از نظر کاربردی در بین نشانگرهای DNA موجود، یکی از سریع‌ترین و ارزان‌ترین روش است.
۲- به کاربرد مواد پرتوزا یا بیوشیمیایی پیچیده نیاز ندارد.
۳- به تدارک، نگهداری و کاربرد کاوشگرها نیاز ندارد.
۴- بسیار اختصاصی عمل می‌کند. تکرارپذیری آن خوب است. و تا حد بسیار زیادی می‌توان به آن اعتماد داشت.
۵- همبارز بودن این نشانگر امکان تشخیص افراد خالص از هر یک از انواع افراد ناخالص را فراهم می‌آورد.
۶- به مقدار خیلی کمی از DNA نیاز است (از چند پیکوگرم تا چند نانوگرم).
مزایای-نشانگر-ALP
معایب نشانگر ALP
۱- طراحی و ساخت آغازگرها، به اطلاعات اولیه در مورد ردیف DNA ژنوم مورد مطالعه نیاز دارد. که فعلا در مورد هیچ یک از گیاهان عالی از جمله گیاهان زراعی به طور کامل در دسترس نیست. به همین دلیل، دانشمندان پروژه‌های عظیم تعیین ردیف DNA ژنوم گیاهان زراعی عمده، مانند برنج را سرعتی فوق العاده بخشیده اند. با دسترسی بیشتر به ردیف DNA موجودات مختلف، این محدودیت به مرور در حال برطرف شدن است.
۲- تفاوت ژنتیک قابل ثبت و مشاهده در سطح ALP بسیار کم است. برای مثال آزمایشی که به منظور تعیین قرابت ۲۴ نمونه از برنج‌های وحشی و زراعی متعلق به ۸ گونه ژنوم AA با استفاده از نشانگرهای ALP صورت گرفت، بیش از نیمی از نشانگرها هیچ نوع تفاوت در اندازه قطعه‌های قابل تکثیر را نمایان ساختند. در آزمایش‌های دیگری که به منظور طبقه‌بندی ۴۰ رقم از برنج‌های ایرانی با استفاده از ۱۵ جفت آغازگر اختصاصی صورت گرفت، فقط ۶ جفت از آن‌ها تفاوت را نشان دادند و بقیه، باند مشابهی در تمام ۴۰ رقم برنج تولید کردند. ولی باید توجه کرد که این‌عدم تفاوت در اندازه قطعه‌های قابل تکثیر به مفهوم یکسان بودن ردیف قطعه قابل تکثیر یا حتی تعداد نوکلئوتیدهای این قطعه در بین نمونه‌های مختلف نیست. روش‌های مکمل ALP مانند PBR آشکارا امر را نشان داده اند.
۳- هزینه اولیه مورد نیاز برای تعیین ردیف بازی بخش‌هایی از ژنوم گیاهان به منظور تولید تعداد کافی نشانگرهای ژنتیک با توزیع مناسب در سرتاسر ژنوم، بسیار زیاد و مستلزم صرف وقت و بهره مندی از ابزار پیشرفته است. تعداد کافی نشانگرهای ژنتیک با توزیع مناسب در سرتاسر ژنوم، بسیار زیاد و مستلزم صرف وقت و بهره مندی از ابزار پیشرفته است.
منبع: کتاب نشانگرهای مولکولی، انتشارات دانشگاه تهران.
دیدگاهتان را بنویسید