ترمال سایکلر تکنیک Real-Time PCR
سایکلرهای حرارتی یا ترمال سایکلر تکنیک Real-Time PCR را برای آزمایش های:
- بیان ژن
- تنوع ژنتیکی،
- ژنوتایپینگ (تعیین ساختار ژنتیکی)
- و تشخیص اختصاصی اهداف نادر، باکتری ها و ویروس ها انجام می دهند.
استفاده از مقادیر کمتری از DNA یا RNA و تکثیر و تشخیص اسید نوکلئیک امکان بهره وری و حذف فرآیندهای پس از تکثیر را از بین می برد. LED های مورد استفاده در دستگاه ترمال سایکلر، غالباً منبع تحریک هستند و تشخیص از طریق رنگ های فلورسنت یا پروب های اتصال دهنده به DNA انجام می شود.
با ورود مدل های جدید به بازار، کاربران می توانند از ویژگی های مفید مختلفی از جمله: چاهک های جداگانه برنامه ریزی شده، افزایش ظرفیت برای تشخیص رنگ فلورسنت، زمان اجرای سریعتر، بلوک های قابل تعویض، گزینه های اتوماسیون، اتصال از راه دور و دسترسی به رایانش ابری، بهره مند شوند.
انواع ترمال سایکلر زمان واقعی و روش کار آنها
ترمال سایکلر زمان واقعی، تولید محصول PCR و شناسایی آن را در یک فرمت که اجازه آنالیز بعدی داده‌های بدست آمده را می‌دهد، ترکیب می‌کنند. برای انجام این دو کار، دستگاه‌های PCR زمان واقعی، فناوری ترمال سایکلر PCR معمولی را با فلوریمتر و دستگاه تشخیص‌دهنده که توانایی برانگیختگی یک فلوروکروم و تشخیص نور بازتاب شده را دارند، ترکیب می‌کند. چندین سازنده این دستگاه‌ها وجود دارند و دامنه قیمت آن بستگی به امکانات دستگاه دارد.
تصاویر (A) و (B) نمونه‌هایی از دو ترمال سایکلر زمان واقعی که محصول شرکت Roche LightCycler می باشد و در این سیستم واکنش‌ها در لوله‌های مویین ۲۰ میلی‌لیتری بورو سیلیکات انجام می‌شوند و ”روتور“ دایره‌ای شکل آن در هر دو بار ۳۲ تیوب واکنش را در خود جای می‌دهد. تصاویر (C) و (D) محصول شرکت Bio-Rad iQ5 می باشد که از فرمت واکنش ۹۶ خانه‌ای استفاده می‌کند و تا ۵ هدف را می‌توان در هر خانه به‌صورت multiplexed تکثیر کرد.
مزایا و معایب ترمال سایکلر زمان واقعی
برای بسیاری آزمایشگاه‌ها این دستگاه نیاز به سرمایه‌گذاری بزرگی دارد. اما این کار می‌تواند باعث کاهش هزینه‌ها شود. چون می‌توان آنالیز محصولات PCR را بدون انجام ران کردن روی ژل آگاروز انجام داد. که اگر تعداد زیادی نمونه پردازش شوند، باعث صرفه‌جویی هم در زمان و هم در هزینه خواهد شد.
یک تفاوت اساسی بین پلت فرم‌ها توانایی شناسایی بیش از یک فلوروکروم با افزودن کانال‌های شناسایی و برانگیختگی چندگانه (Multiple excitation) است. بسیاری تولیدکنندگان مدل‌های مختلفی را ارائه می‌دهند که یک دستگاه تک کاناله با هزینه نسبتاً کم و مناسب برای تشخیص سایبر گرین است. به‌عنوان‌مثال Bio-Rad’s DNA Engine Opticon تا دستگاه چند کاناله. به‌عنوان‌مثال سیستم ۷۵۰۰ Real-Time PCR از Applied Biosystems را شامل می‌شود.
بسیاری از آنها با مواد chemistries و فلوروکروم های خاصی کار می‌کنند. بنابراین مهم است که علاوه بر هزینه و توانایی‌های مختلف ترمال سایکلرها هزینه و گزینه‌های مواد در دسترس برای هر پلت فرم در نظر گرفته شود. از آنجاکه واکنش‌های PCR زمان واقعی با اندازه‌گیری فلورسنس در هر چرخ اندازه‌گیری می‌شوند، بیشتر ترمال سایکلرهای زمان واقعی نیاز به این دارند که برای تیوب‌ها یا پلیت های میکروتیتر و حجم واکنش PCR که استفاده می‌شوند، کالیبره شوند. بنابراین مهم است که قبل از انجام واکنش‌ها بدانید که از چه ترمال سایکلر زمان واقعی استفاده می‌کنید.
دیدگاهتان را بنویسید