تاریخ :۲۰ بهمن ۱۴۰۱
نشانگر-ریز ماهواره-SSR

آشنایی با نشانگرهای ریز ماهواره یا SSR

  • آشنایی با نشانگرهای ریز ماهواره یا SSR

    آشنایی با نشانگرهای ریز ماهواره یا SSR: ریزماهواره ها یا ردیف های تکراری ساده (SSR) گروهی از ردیف های تکرار شونده اند که با نام های مختلف همچون تفاوت طول ردیف های ساده (SSLPs) ردیف های کوتاه تکراری (STRs)، موتیف های با ردیف ساده (SSMs) و نقاط ریز ماهواره نشانمند از ردیف (STMs) نیز خوانده می شوند.

    تنوع در تعداد تکرار ریز ماهواره ها که به کمک PCR و الکتروفورز قابل آشکارسازی اند، موجب شده است که از ریز ماهواره ها به عنوان ابزار مولکولی با پتانسیل بسیار زیاد برای تشخیص های ژنومی در آزمایشگاه ها استفاده شود. امروزه نشانگرهای ریز ماهواره ای به وفور در مطالعات مختلف مورد استفاده قرار می گیرند. ریز ماهواره ها شامل واحدهای تکی، دوتایی، سه تایی، چهارتایی، پنج تایی، یا شش تایی تکرار شونده اند که در ژنوم بیشتر یوکاریوت ها پراکنده اند. در هر ۱۰ کیلو جفت باز از ردیف DNA را دست کم یک ردیف ریزماهوارهای دیده می شود.

    تاریخچه کشف نشانگرهای SSR

    اصطلاح ریز ماهواره ابتدا توسط الیت و لوتی در سال ۱۹۸۹ به کار برده شد. ردیف های ریز ماهواره ای غیر پایدارند و با کاهش یا افزایش واحدهای تکرار شونده، دچار تغییرات فراوان در طول می شوند. ریز ماهواره ها نخستین بار در ژنتیک انسانی استفاده شدند. برای تشخیص برخی از بیماری هایی که با تغییر تعداد واحدهای تکرار شونده ریز ماهواره ها همراه بودند، استفاده شدند.

    فراوانی ردیف های کوتاه تکرار شونده در ژنوم سازواره های مختلف، اعم از یوکاریوت ها و تا حدی پروکاریوت ها به اثبات رسیده است. مثلا پانود و همکاران در سال ۱۹۹۵ گزارش دادند که ردیف GA)n) به تعداد ۱۳۶۰ مرتبه و ردیف GT)n) به تعداد ۱۲۳۰ مرتبه در ژنوم برنج تکرار می شود. این ردیف های کوتاه ساده تکراری با نام ریزماهواره ها شناخته می شوند. تعداد باز موجود در هر ردیف تکرار شونده ممکن است دو، سه، چهار یا حتی بیشتر باشد. طول ریز ماهواره ها یا SSR معمولا کمتر از ۱۰۰ جفت باز بوده و توسط دو ردیف منحصر به فرد در دو طرف محدود شده اند.

    نشانگر-ریزماهواره-SSR

    شناسایی نشانگرهای ریز ماهواره یا SSR

    نشانگرهای ریز ماهواره با روش های پیچیده زیست شناسی مولکولی و با هزینه زیاد شناسایی و ردیف های مجاور آنها تعیین می شوند. سپس بر اساس ردیف احاطه کننده هر ریز ماهواره آغازگرها طراحی و ساخته می شود. از طریق واکنش زنجیره ای پلیمراز و با استفاده از این گونه آغازگرها می توان DNA ژنومی نمونه های مختلف گیاهی را برای تکثیر ریز ماهواره های مذکور مورد استفاده قرار داد. آزمایش های مکرر نشان داده اند که تفاوت و تنوع ناشی از ریز ماهواره ها در سازواره های مختلف به ویژه در یوکاریوت ها بسیار زیاد است.

    ریز ماهواره ها به سه گروه عمده تقسیم می شوند

    1. تکرارهای کامل
    2. تکرارهای ناکامل: معمولا توسط بازهای غیر تکرار شونده قطع می شوند.
    3. تکرارهای مرکب: دو یا تعداد بیشتری از واحدهای تکراری مجاور یکدیگر

    تعداد تکرار در هر واحد بسیار متفاوت است. حداقل تعداد واحد تکرار شونده برای ریز ماهواره های دو نوکلئوتیدی و سه نوکلئوتیدی به ترتیب ۱۰ و ۷ بار تکرار تعیین شده است.

    مزایای نشانگرهای ریز ماهواره

    1. کاربرد آنها و تفسیر نتایج نسبتا ساده است؛
    2. سیستم چند آللى (تا ۱۱ الل) از ویژگی های بارز این نوع نشانگر است؛
    3. ریز ماهواره ها بسیار متنوع اند؛
    4. به وفور در ژنوم یوکاریوت ها یافت می شوند؛
    5. بیشتر ریز ماهواره ها غیر عملکردی و  همبارز هستند.

    ریزماهواره-SSR

    معایب ریز ماهواره ها

    ۱- شناسایی ریز ماهواره ها

    جشنواره پاییزه
    جشنواره فروش بذر های خاص و کمیاب با بیش از ۱۲۰۰ رقم تنوع
    همین الآن خرید کنید

    ۲-تعیین ردیف بازی آنها

    ۳- طراحی و ساخت آغازگرها

    ۴- تهیه نقشه ژنتیک ریز ماهواره ها بسیار پیچیده و مستلزم صرف وقت و هزینه بسیار زیاد است.

    ۵- در صورت توزیع نامناسب ریز ماهواره ها در طول ژنوم کاربرد موثر آنها در مکان یابی ژن ها محدود می گردد.

    ۶- تنوع بیش از حد ریز ماهواره ها: کاربرد آنها را در رده بندی گیاهان و تعیین قرابت آنها مورد سوال قرار داده است. به همین دلیل استفاده از ریز ماهواره ها به شناسایی ارقام یا رده بندی گونه ای محدود خواهد شد. همچنین در تعیین قرابت بین گونه های دورتر کاربردی نخواهد داشت. البته در صورت شناسایی و تعیین جایگاه ژنی می توان از این نوع نشانگرها برای انگشت نگاری و تشخیص ارقام و غیره استفاده کرد.

    ۴- کمبود تعداد ریز ماهواره های شناخته شده در برخی از موجودات استفاده از آنها را در مکان یابی ژن ها محدود کرده است.

    کاربردهای نشانگرهای ریز ماهواره

    1. مطالعه تنوع ژنتیکی
    2. مطالعه فیلوژنی و تکاملی
    3. تهیه نقشه ژنومی و نشانگری
    4. همسانه کردن ژنی و نقشه یابی ژنتیکی
    5. پژوهش های اکولوژیکی و تکامل جمعیت ها
    6. انتخاب نشانگر همراه با صفت مورد نظر
    7. خالص سازی مواد ژنتیکی
    8. انجام تحقیقات سیتوژنتیکی برای شناسایی لاین های با کروموزوم اضافی و لاین های با جایگزینی کروموزومی

    منبع: کتاب نشانگرهای مولکولی، انتشارات دانشگاه تهران

    امتیاز شما به این مقاله چقدره؟

    میانگین امتیازات ۵ از ۵

    اشتراک‌گذاری

    یک نظر

    1. منوچهر نظری پاسخ

      سلام در خصوص نشانگرهای ssr اطلاعات اولیه خوبی ارائه شده است و بنده استفاده کردم فقط اگه اطلاعان بیشتری در این خصوص باشد نحئه دسترسی به آن چگونه است
      با تشکر منوچهر نطری

      1. دکتر فاطمه سکه چی نویسنده پاسخ

        با سلام خدمت شما دوست گرامی، ممنون از حسن توجه شما و خوشحال هستیم از اینکه مقاله مورد نظر مورد استفاده شما بوده. برای کسب اطلاعات بیشتر از این نشانگر به کتاب نشانگرهای مولکولی چاپ سوم انتشارات دانشگاه تهران و تالیف دکتر نقوی، دکتر قره یاضی و دکتر حسینی سالکده مراجعه کنید که کل کتاب در رابطه با کل نشانگرهای مولکولی هستش

    دیدگاهتان را بنویسید

    نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد.